La série conte l'histoire de sept enfants , les Élus (Yagami Taichi, Ishida Yamato, Takenouchi Sora, Izumi Koushiro, Kido Jou, Tachikawa Mimi, Taikaishi Takeru et Yagami Hikari, qui, elle, intervient un peu plus tard dans la série), projetés dans le Digital World lors d'un camp de vacances. Arrivés là-bas, ils découvrent qu'ils ont chacun un Digimon qui les attendait. Ils ont été choisis pour sauver le Digital World d'une menace qui pourrait causer des dégâts, aussi bien au monde digital qu'au monde réel. Pour battre des ennemis puissants, les Digimon ont la possibilité d'évoluer et de changer de niveau, grâce aux Digivice. Pendant ce processus, les Digimon changent d'apparence et deviennent plus puissants.